根尖囊腫通常為細菌藉由不密貼的人工牙冠、牙根斷裂、外力撞擊、牙周組織或牙齦等處進入牙根尖端，造成牙根根尖形成充滿細菌的囊腫。由於囊腫通常包覆牙根尖，所以通常會合併根尖切除逆充填及補骨手術，清除所有發炎組織後再進行人工骨粉的填補來修復被破壞的齒槽骨。

根尖囊腫手術需進行牙齦肉切開及翻瓣，並利用超音波骨刀切除牙根尖後清除所有發炎組織，並填入人工骨粉修復齒槽骨。超音波骨刀除了可有效保留送檢囊腫檢體外，更可減少術中出血量。

手術費用會因骨破壞範圍而有所變動，根尖囊腫手術通常包含牙齦切開、翻瓣及縫合，患者可與保險專員確認是否在理賠範圍內，診斷書將以實際手術內容開立。

通常手術會在局部麻醉下進行，所以手術過程中不會感到疼痛。術後遵照醫囑按時服用藥物並且有充分休息，皆可大幅降低不適感。對牙科恐懼、容易緊張的患者也可以搭配TCI舒眠麻醉(靜脈鎮靜舒眠治療)來降低手術帶來的焦慮及緊張。

務必遵從醫囑流質軟質飲食、避開手術區域進食、過度張口、激烈運動，
術後應充分休息，避免造成傷口拉扯爆開以及骨粉因食物咬合壓力過大產生擠壓而導致骨粉流失。

術後仍需觀察至少6個月，若牙齒持續疼痛、牙齦發炎長膿包或是根尖周圍再度感染，則應評估是否牙根已有可能斷裂，並評估有無拔除後進行缺牙處重建之必要。